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                  微生物樣本取樣方法-環境類樣本

                  放大字體  縮小字體 發布日期:2023-11-02
                  核心提示: 做任何事情,好的開始是成功的一半,當然測序也不例外。那么測序的第一步是什么呢?取樣!樣本的質量是決定實驗結果很關鍵
                   做任何事情,好的開始是成功的一半,當然測序也不例外。那么測序的第一步是什么呢?取樣!樣本的質量是決定實驗結果很關鍵的一步。那么,該如何正確的取樣呢?請跟小編一起往下看吧!之前小編已經為大家介紹過醫學類樣本如何取樣,今天呢,要給大家帶來的是環境類微生物組測序樣本的取樣方法!還在為取樣煩惱的小伙伴們,快點收藏哦!

                   

                   

                  微生物組測序--環境類樣本取樣方法

                   

                  1.土壤

                  1.1 普通土壤

                  取樣容器:1.5-50ml離心管

                  送樣量:擴增子重量≥2g;宏基因組重量≥5g;

                  1)根據研究設計選擇具有代表性的土壤;

                  2)采樣所用工具、塑料袋或其他物品都要事先滅菌,或用采取的土壤擦拭;

                  3)取 5-10cm處土壤,多點采取重量相當的土壤進行混勻,去除雜質后再取一定量土壤裝入無菌管,每個樣品取樣2-10g;

                  4)密封后用大體積干冰運輸,且要保證我方在收到樣品開箱檢驗時有足夠的干冰剩余。

                  注意事項:為防止交叉污染,不建議使用自封袋取樣。

                   

                  1.2 根際土壤

                  取樣容器:1.5ml-50ml離心管

                  送樣量:擴增子重量≥2g;宏基因組重量≥5g;

                  1)使用的工器具要事先消毒滅菌處理;

                  2)采集20cm深的根際土壤于50mL的無菌管里,迅速放在液氮里凍存;

                  3)用20目的篩子過篩,去除植物根、動物殘骸以及其他雜質后分裝到無菌離心管里,每管3~5g,密封后立即-80℃儲存備用。

                   

                  2. 植物組織

                  送樣量:擴增子重量≥1g;宏基因組重量≥2g;

                  1)大田或野外獲取的材料;

                  2)取材后需用70%酒精將材料表面的灰塵及泥土沖洗干凈,吸干;

                  3)液氮速凍后,放入預冷的50ml離心管或是封口袋中,用大體積干冰運輸。

                  注意事項:優先選用新鮮采集的樣品送樣;根,莖,果實組織較大時,切碎后送樣。

                   

                  3. 植物根表面

                  取樣容器:1.5-50ml離心管

                  1)將所研究的物體放在事先滅好的無菌容器當中;

                  2)加入PBS緩沖液后進行振蕩,使得微生物從物體表面充分的脫落并聚集在PBS緩沖液當中,震蕩至少2h以上;

                  3)直接提取PBS緩沖液中的微生物或者將緩沖液用濾膜過濾之后再進行DNA的提取。

                  PBS濃度和PH有要求:濃度是用1x的,PH值是7.4的,一般買回來的PBS是10x的,我們會稀釋到1x。

                  注意事項:建議優先使用超聲波洗滌。

                   

                  4. 植物內生菌

                  送樣量:擴增子干重≥1g;宏基因組干重≥2g;

                  1)根據研究目的選取對應的新鮮植物組織;

                  2)依次用70%無水乙醇浸泡40s,再用2.5%次氯酸鈉浸泡10min,每100ml 2.5%次氯酸鈉加一滴吐溫80;

                  3)無菌水清洗2-3次,-80℃保存。

                   

                  5. 水體

                  取樣容器:1.5-50ml離心管

                  送樣量:擴增子直徑3-4cm濾膜1-2張;宏基因組直徑3-4cm濾膜1-2張;

                  1)研究目的進行確定水體的取樣深度和范圍;

                  2)采樣后進行濾膜過濾,選擇合適孔徑的濾膜,對于澄清水體或者略渾濁水體,選用0.22μm或者0.45μm的濾膜,取樣體積大于5L;對于渾濁水體,建議先用大孔徑的濾膜過濾一遍,再用小孔徑的濾膜過濾;

                  3)水體泥樣的采集提供大于5g樣本;

                  4)用大體積干冰運輸,且要保證我方在收到樣品開箱檢驗時有足夠的干冰剩余。

                  注意事項:擴增子項目將3-5L水體過濾到1-2張濾膜(0.22或0.45um)后裝入到離心管中;宏基因組項目將30-50L水體過濾到1-2張濾膜(0.22或0.45um)后裝入到離心管中。

                   

                  6. 污泥、海洋沉積樣本

                  1)活性污泥樣本取自活性污泥裝置中,一般取樣量大于20ml,將其置于無菌管中,建議立即提取后-80℃保存;

                  2)海洋沉積樣本根據研究目的進行取樣,一般建議取1kg以上的沉積物裝入塑料袋中,低溫運輸并盡快進行提取-80℃保存。

                  注意:活性污泥樣本等一般建議及時提取,樣本體積較大,長時間-80℃保存,一方面儲存不便,另一方面凍融提取也比較困難,加大了實驗工作量及難度。建議提取后保存DNA即可。

                   

                  7. 空氣

                  1)抽取針對實驗目的的空氣微顆粒,用不同孔徑大小的無菌濾膜篩選目的顆粒(將含顆粒過濾膜裝入無菌鋁箔內,密封在-80℃長期保存);

                  2)截取適量大小過濾膜,置于含有1xPBS 緩沖液的50ml離心管;在4℃條件下,加速度離心2h;

                  3)溫和旋渦處理,0.2μm的Supor 200 PES Membrance Disc Filter 過濾紙重懸液。

                  注意:由于樣本特殊,微生物含量較少,建議多保管備份保存。

                  編輯:songjiajie2010

                   
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